Полноразмерные геномы вируса иммунодефицита человека 1-го типа у лиц с сероконверсией, инфицированных субтипом C, в Индии: свидетельства межсубтипной рекомбинации

Разработка эффективной вакцины против вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1), вероятно, будет зависеть от знаний о циркулирующих вариантах генов, помимо обычно секвенируемых gag и env. Кроме того, данные о полных геномах ВИЧ-1 субтипа C, который в настоящее время наиболее распространён среди передаваемых вариантов в Индии и во всём мире, особенно ограничены. Мало известно и о последовательностной вариабельности ВИЧ-1 в Индии — стране, где бремя ВИЧ-инфекции выше, чем в любой другой стране мира. Целью исследования было клонировать и охарактеризовать полный геном ВИЧ-1 у лиц в Индии с сероконверсией после заражения вариантами субтипа C. Изоляты ВИЧ-1, полученные при совместном культивировании, были выделены у шести человек с сероконверсией из Пуны (Индия); для каждого из них амплифицировали, клонировали и секвенировали практически полноразмерный геном ВИЧ-1. Анализ последовательностей показал, что пять из шести геномов относились к субтипу C, а один представлял собой мозаику субтипов A и C с несколькими точками рекомбинации в env, nef и длинном концевом повторе на 3′-конце. Это было установлено с помощью анализа максимального значения χ² и бутстреп-анализа филогенетических деревьев. Последовательности сравнили на предмет сохранности известных эпитопов цитотоксических Т-лимфоцитов (ЦТЛ). С последовательностью HIV-1LAI совпадали 38% хорошо охарактеризованных эпитопов ЦТЛ. Доля неконсервативных замен в Env составляла 61% и была выше, чем в Gag (24%), Pol (18%) и Nef (32%) (P < 0,001). Таким образом, охарактеризованные эпитопы ЦТЛ существенно отличались от эпитопов лабораторных штаммов субтипа B; наиболее выраженные различия наблюдались в Env. Поскольку эти клоны были получены от жителей Индии с сероконверсией, они могут содействовать разработке вакцин в стране: служить потенциальными антигенами для вакцин-кандидатов и материалом для тестов оценки ответа на вакцинацию.