MEGA5: анализ молекулярной эволюции и генетики методами максимального правдоподобия, эволюционных расстояний и максимальной парсимонии

Сравнительный анализ молекулярных последовательностей необходим для реконструкции эволюционной истории видов и оценки характера и выраженности селективных факторов, влияющих на эволюцию генов и видов. Представляем новую версию программы Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA5) — удобного инструмента для поиска данных в онлайн-базах, построения выравниваний последовательностей и филогенетических деревьев, а также применения методов эволюционной биоинформатики в фундаментальной биологии, биомедицине и исследованиях эволюции. Главное нововведение MEGA5 — набор методов максимального правдоподобия для реконструкции эволюционных деревьев, выбора наиболее подходящих моделей замещения нуклеотидов или аминокислот, определения предковых состояний и последовательностей с оценкой вероятностей, а также оценки скоростей эволюции для отдельных сайтов. В компьютерных симуляциях алгоритмы MEGA5 для реконструкции деревьев методом максимального правдоподобия успешно конкурировали с алгоритмами других программ по вычислительной эффективности и точности реконструкции филогенетических деревьев, оценки параметров замещения и вариабельности скоростей эволюции между сайтами. Интерфейс MEGA стал ориентирован на выполняемые задачи, что упростило работу как начинающим, так и опытным исследователям. Эта версия MEGA предназначена для Windows и настроена для эффективной работы на компьютерах с Mac OS X и Linux. Программа доступна бесплатно на сайте http://www.megasoftware.net.