Высокоплотный массив для анализа метилирования ДНК с разрешением до отдельных сайтов CpG

Разработан новый полногеномный микрочип BeadChip для высокопроизводительного профилирования метилирования ДНК человека. Новый высокоплотный микрочип позволяет анализировать более 480 тыс. сайтов CpG и исследовать 12 образцов параллельно. Он охватывает 99% генов RefSeq с использованием нескольких зондов на каждый ген, 96% CpG-островков из базы данных UCSC, берега CpG-островков, а также дополнительные участки, отобранные по данным полногеномного бисульфитного секвенирования и с учетом экспертных рекомендаций по метилированию ДНК. Для анализа метилирования CpG в геномной ДНК, подвергнутой бисульфитной конверсии, используется хорошо охарактеризованный метод Infinium®. С помощью этой технологии проанализировали метилирование ДНК в образцах нормальной и опухолевой ДНК и сравнили результаты с данными полногеномного бисульфитного секвенирования (WGBS), полученными для тех же образцов. Массив и методы секвенирования дали высоко сопоставимые профили метилирования ДНК; среднее значение R2 составило 0,95. Возможность определять полногеномные закономерности метилирования позволит ускорить развитие исследований метилирования.