Представляем EzTaxon-e — базу последовательностей гена 16S рРНК прокариот с филотипами, представляющими некультивируемые виды

Несмотря на недавнее совершенствование коммерческих систем идентификации, идентификация бактерий остаётся сложной задачей для многих рутинных микробиологических лабораторий, особенно при работе с таксономически новыми изолятами. Для этой цели широко используют ген 16S рРНК в сочетании с тщательно курируемыми базами данных, такими как EzTaxon, содержащая последовательности типовых штаммов прокариотических видов с валидно опубликованными названиями. Хотя базу EzTaxon широко применяют для рутинной идентификации изолятов прокариот, последовательности некультивируемых прокариот в ней не учитывались. В настоящей работе представлена база данных нового поколения EzTaxon-e. Она охватывает не только виды, включённые в формальную номенклатурную систему, но и филотипы, которые могут соответствовать видам, существующим в природе. Помимо идентификации с помощью поиска BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) и попарного глобального выравнивания последовательностей, предложен новый объективный метод оценки полноты секвенирования. Все последовательности в базе EzTaxon-e прошли филогенетический анализ, на основе которого создана полная иерархическая система классификации. База EzTaxon-e представляет собой полезную таксономическую основу для идентификации культивируемых и некультивируемых прокариот и служит ценным средством обмена информацией между микробиологами, регулярно сталкивающимися с таксономически новыми изолятами. База данных и инструменты анализа доступны по адресу http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/.