Сравнение двух основных классов алгоритмов сборки: на основе перекрытий, компоновки и консенсуса и графов де Брёйна

После завершения в 2009 году проектов по секвенированию геномов огурца и панды с использованием технологии Illumina мировое научное сообщество стало уделять значительно больше внимания этому экономически эффективному подходу к получению черновых последовательностей крупных геномов. Чтобы помочь новым пользователям лучше понять алгоритмы сборки и выбрать оптимальные программные пакеты для своих проектов, мы подробно сравниваем два основных класса алгоритмов сборки — на основе перекрытий, компоновки и консенсуса и графов де Брёйна, — с точки зрения их соответствия модели Ландера—Уотермана, требуемой глубины секвенирования и длины чтений. Мы также рассматриваем вычислительную эффективность каждого класса алгоритмов, влияние повторяющихся последовательностей и гетерозиготности, а также особенности последующих этапов формирования скаффолдов и закрытия пробелов. Надеемся, что этот обзор будет способствовать дальнейшему распространению секвенирования de novo второго поколения и развитию алгоритмов сборки.