HiFiAdapterFilt — экономичный по памяти конвейер обработки чтений, предотвращающий появление адаптерных последовательностей в чтениях PacBio HiFi и их негативное влияние на сборку генома
HiFiAdapterFilt, a memory efficient read processing pipeline, prevents occurrence of adapter sequence in PacBio HiFi reads and their negative impacts on genome assembly
Аннотация
Введение: Технология чтений HiFi компании Pacific Biosciences в настоящее время является отраслевым стандартом высокоточного секвенирования длинными чтениями и широко применяется в масштабных проектах по секвенированию и сборке геномов для получения сборок de novo немодельных организмов. Хотя фильтрация контаминации адаптерами входит в стандартные конвейеры анализа коротких чтений, в рабочих процессах обработки чтений HiFi её применяют недостаточно широко.
Результаты: Анализ 55 общедоступных наборов данных HiFi показал, что перед сборкой необходимо очищать пулы чтений от артефактов последовательности, возникающих при подготовке библиотек PacBio, поскольку адаптерные последовательности могут ошибочно включаться в сборки.
Выводы: Описаны особенности чтений с адаптерной контаминацией и последствия их использования для сборки, а также представлен HiFiAdapterFilt — простое и экономичное по памяти решение для удаления таких чтений до начала сборки.
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.