Рекомендации по применению и интерпретации методов оценки аутофагии

В 2008 году мы опубликовали первый свод рекомендаций по стандартизации исследований аутофагии. С тех пор исследования в этой области продолжили стремительно развиваться, и к ней присоединилось множество новых учёных. Расширились также наши знания и набор доступных современных технологий. Поэтому необходимо обновить рекомендации по оценке аутофагии у различных организмов. Различные обзоры описывали спектр методов, применявшихся для этой цели. Тем не менее сохраняется путаница в отношении допустимых методов измерения аутофагии, особенно у многоклеточных эукариот. Важно подчеркнуть различие между измерением количества или объёма аутофагических структур — например, аутофагосом или аутофаголизосом — на любой стадии аутофагического процесса и оценкой потока по аутофагическому пути, то есть всего процесса в целом. Поэтому необходимо отличать блок макроаутофагии, приводящий к накоплению аутофагосом, от стимулов, повышающих аутофагическую активность. Последняя определяется как усиление индукции аутофагии в сочетании с увеличением доставки содержимого в лизосомы и его деградации внутри лизосом у большинства высших эукариот и некоторых протистов, таких как Dictyostelium, либо в вакуоль у растений и грибов. Иными словами, особенно важно, чтобы исследователи, недавно начавшие работать в этой области, понимали: увеличение количества аутофагосом не обязательно означает усиление аутофагии. Во многих случаях аутофагосомы накапливаются из-за нарушения их транспорта к лизосомам без сопутствующего изменения образования аутофагосом, тогда как увеличение числа аутофаголизосом может отражать снижение деградационной активности. В настоящих рекомендациях представлен свод принципов выбора и интерпретации методов, предназначенных для исследователей, изучающих макроаутофагию и связанные с ней процессы, а также для рецензентов, которым необходимо давать реалистичную и обоснованную оценку публикаций, посвящённых этим процессам. Эти рекомендации не являются формальным набором правил, поскольку выбор подходящих методов частично зависит от поставленного вопроса и используемой системы. Кроме того, мы подчёркиваем, что ни один отдельный метод не может считаться наиболее подходящим в любой ситуации, и настоятельно рекомендуем использовать несколько методов для оценки аутофагии. В рекомендациях рассматриваются различные методы оценки аутофагии, а также информация, которую можно или нельзя получить с их помощью. Наконец, обсуждая преимущества и ограничения отдельных методов оценки аутофагии, мы надеемся стимулировать технические инновации в этой области.