BEAST 2: программная платформа для байесовского эволюционного анализа

Представляем BEAST 2 — новую гибкую и расширяемую программную платформу с открытым исходным кодом для байесовского эволюционного анализа. Она представляет собой переработанную версию популярной платформы BEAST 1, созданную для устранения структурных недостатков, выявившихся по мере её развития. Одним из ключевых недостатков была невозможность расширения платформы после выпуска. В BEAST 2 реализована полноценная система управления пакетами, позволяющая сторонним разработчикам создавать дополнительные функции и устанавливать их непосредственно в платформу через менеджер пакетов без выпуска новой версии самой платформы. Возможности этой архитектуры пакетов демонстрируются на нескольких недавно опубликованных моделях, включая априорные распределения для деревьев на основе процессов рождения, смерти и отбора проб, филодинамические модели, а также усреднение моделей замен и моделей разбиения по сайтам. Ещё одно важное улучшение — возможность сохранять на диск и загружать с него полное состояние цепи MCMC, что упрощает его совместное использование несколькими экземплярами BEAST. Это позволяет сохранять контрольные точки и улучшает поддержку расширений для многопроцессорных и высокопроизводительных вычислений. Наконец, функции новых пакетов можно легко интегрировать в пользовательский интерфейс BEAUti 2 с помощью простого механизма шаблонов XML. Это стало возможным благодаря переработке BEAST 2, обеспечившей более тесную интеграцию вычислительного ядра и пользовательского интерфейса: например, BEAST и BEAUti используют один и тот же формат файлов XML.