FLEXBAR: гибкая обработка штрихкодов и адаптеров для платформ секвенирования нового поколения

Количественные и системно-биологические подходы получают преимущества благодаря беспрецедентной глубине секвенирования нового поколения. В ходе типичного эксперимента образуются миллионы коротких чтений, часто содержащих определённые последовательностные метки. Эти метки могут быть: (а) специфичными для платформы секвенирования и метода подготовки библиотеки (например, адаптерные последовательности); (б) введёнными в соответствии с дизайном эксперимента (например, штрихкоды образцов); или (в) представляющими собой биологический сигнал (например, последовательности сплайс-лидера у нематод). Программное обеспечение FLEXBAR обеспечивает точное распознавание, сортировку и обрезку последовательностных меток с максимальной гибкостью на основе выравнивания по точному перекрытию последовательностей. Программа поддерживает форматы данных всех используемых в настоящее время платформ секвенирования, включая чтения в цветовом пространстве. FLEXBAR сохраняет парность чтений и при необходимости обрабатывает отдельные чтения со штрихкодами. Программа позволяет детально настраивать параметры обнаружения последовательностных меток и области поиска. FLEXBAR поддерживает многопоточную обработку, сочетая высокую скорость и точность. Даже сложные сценарии обработки чтений можно выполнять одной командой в командной строке. Мы демонстрируем применение программы для картирования чтений, демультиплексирования библиотек и обнаружения последовательностей сплайс-лидера. FLEXBAR и дополнительная информация доступны для академического использования на сайте: http://sourceforge.net/projects/flexbar/.