Hi-TOM: платформа для высокопроизводительного отслеживания мутаций, индуцированных системами CRISPR/Cas

Системы CRISPR/Cas широко применяются для точного внесения генетических изменений в различные организмы. Несмотря на их значимость и повсеместное использование, масштабный скрининг мутаций остаётся трудоёмким и дорогостоящим. Мы разработали Hi-TOM (доступен по адресу https://doi.org/www.hi-tom.net/hi-tom/) — онлайн-инструмент для отслеживания мутаций с точной количественной оценкой их доли в нескольких образцах и участках-мишенях. Также описан соответствующий метод подготовки библиотек для секвенирования нового поколения (NGS), основанный на использовании фиксированных мостиковых последовательностей и праймеров с баркодами. Анализ образцов риса, гексаплоидной пшеницы и клеток человека показал, что Hi-TOM надёжно и чувствительно выявляет различные мутации, особенно сложные химерные мутации, часто возникающие при редактировании генома. Для работы с Hi-TOM не требуется специально разрабатывать праймеры с баркодами, задавать сложные параметры или проводить дополнительный анализ данных. Благодаря упрощённой подготовке библиотек NGS и подробному представлению результатов Hi-TOM особенно подходит для высокопроизводительного выявления всех типов мутаций, индуцированных системами CRISPR/Cas.