Загрязнение реагентов и лабораторная контаминация могут критически влиять на анализ микробиома методами секвенирования

Введение: В последние годы изучение микробных сообществ претерпело революционные изменения благодаря широкому распространению независимых от культивирования методов анализа, таких как секвенирование гена 16S рРНК и метагеномика. Одним из потенциальных факторов, искажающих результаты этих методов, является присутствие загрязняющей ДНК в наборах для выделения ДНК и других лабораторных реагентах.

Результаты: Мы показали, что загрязняющая ДНК повсеместно присутствует в широко используемых наборах для выделения ДНК и других лабораторных реагентах, её состав значительно различается в разных наборах и партиях одного и того же набора, а при анализе образцов с низкой микробной биомассой эта контаминация критически влияет на результаты. Контаминация влияет как на исследования гена 16S рРНК методом ПЦР, так и на метагеномику методом дробового секвенирования. Мы приводим подробный перечень потенциально контаминирующих родов микроорганизмов и рекомендации по снижению влияния контаминации.

Выводы: Эти результаты указывают на необходимость осторожности при применении методов секвенирования для изучения микробиоты в условиях низкой микробной биомассы. Настоятельно рекомендуется одновременно секвенировать образцы отрицательного контроля.