Экосистема ImageJ: открытая платформа для анализа биомедицинских изображений

Технологии микроскопии быстро развиваются, обеспечивая всё более доступную, быструю и точную количественную визуализацию биомедицинских объектов, что требует соответствующего совершенствования методов обработки и анализа изображений. Существует широкий спектр программного обеспечения — от коммерческого до академического, от узкоспециализированного до универсального, от небольших программ до крупных комплексов, — однако ключевой характеристикой ПО, пригодного для научных исследований, является его доступность. Программное обеспечение с открытым исходным кодом идеально подходит для научной работы, поскольку его можно свободно изучать, изменять и распространять. В частности, открытая программная платформа ImageJ оказала огромное влияние на науки о жизни и продолжает его оказывать. С момента создания ImageJ значительно развивалась главным образом благодаря свободной доступности и активному, готовому помочь сообществу пользователей. ImageJ ежедневно используют самые разные специалисты — от увлечённых любителей, технических ассистентов и студентов до научных сотрудников и опытных исследователей в области биологии; обмен знаниями происходит через специальный список рассылки. Области применения ImageJ варьируют от визуализации данных и обучения до сложной обработки изображений и статистического анализа. Возможность расширения программы продолжает привлекать биологов на всех этапах профессиональной карьеры, а также специалистов по информатике, стремящихся эффективно реализовывать специализированные алгоритмы обработки изображений. В этом обзоре проект ImageJ рассматривается как пример того, как программное обеспечение с открытым исходным кодом способствует формированию комплексов программных инструментов и делает множество технологий анализа изображений легко доступными научному сообществу. Особое внимание уделено причинам популярности ImageJ, его влиянию на науки о жизни, роли в создании других проектов и обратному влиянию со стороны развивающихся вместе с ним проектов экосистемы ImageJ.