Разработка и верификация теста Prosigna для определения генной сигнатуры рака молочной железы на основе PAM50

Введение: Четыре внутренних подтипа рака молочной железы, определяемые по дифференциальной экспрессии 50 генов (PAM50), позволяют прогнозировать риск рецидива и пользу гормональной и химиотерапии. В этой статье описана разработка теста Prosigna™ — классификатора подтипов и модели риска на основе PAM50, предназначенных для работы на системе NanoString nCounter Dx Analysis System и проведения исследований в отдельных клинических лабораториях.

Методы: Для обучения прототипных центроидов каждого из внутренних подтипов рака молочной железы на платформе NanoString использовали 514 образцов опухоли молочной железы, фиксированных формалином и залитых в парафин (FFPE). Иерархический кластерный анализ данных об экспрессии генов позволил определить прототипные центроиды, ранее полученные при обучении алгоритма PAM50. Затем на 304 образцах FFPE из хорошо охарактеризованной клинической когорты пациентов, не получавших адъювантную системную терапию, обучили модель риска на основе подтипов — показатель Prosigna ROR. Прогностическую точность алгоритма проверили на 232 образцах из когорты пациентов, получавших тамоксифен, до начала исследований клинической валидации.

Результаты: Профили экспрессии генов для каждого из четырёх центроидов подтипов Prosigna соответствовали ранее опубликованным профилям, полученным с помощью метода PAM50 на основе ПЦР. Как и при использовании ранее опубликованных классификаторов, опухоли, отнесённые тестом Prosigna к люминальному подтипу A, имели лучший прогноз, чем опухоли трёх подтипов с более высоким риском. Подтверждена значимая связь показателя риска рецидива Prosigna (ROR) с прогнозом при рассмотрении его как непрерывной переменной; он также предоставлял значимую дополнительную информацию по сравнению с общедоступными иммуногистохимическими маркерами и системой Adjuvant! Online.

Выводы: Результаты обучающих и проверочных наборов данных показывают, что тест Prosigna, получивший разрешение FDA и маркировку CE, точно оценивает риск отдалённого рецидива при гормон-рецептор-положительном раке молочной железы и определяет внутренний подтип опухоли, соответствующий ранее опубликованным результатам анализа PAM50 на основе ПЦР. Последующие исследования аналитической и клинической валидации подтвердили клиническую точность и техническую воспроизводимость теста Prosigna PAM50 при проведении исследований в отдельных лабораториях.