DADA2: высокоразрешающее определение последовательностей в образцах по ампликонным данным Illumina
DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data
Аннотация
Представлен пакет программного обеспечения DADA2 с открытым исходным кодом для моделирования и коррекции ошибок ампликонного секвенирования на платформе Illumina (https://github.com/benjjneb/dada2). DADA2 точно определяет последовательности, присутствующие в образце, и различает варианты, отличающиеся всего одним нуклеотидом. В нескольких модельных сообществах DADA2 выявлял больше истинных вариантов и выдавал меньше ложных последовательностей, чем другие методы. Применение DADA2 к образцам влагалища, полученным от когорты беременных женщин, позволило выявить ранее не обнаруженное разнообразие вариантов Lactobacillus crispatus.
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.