Панканцерный иммуногеномный анализ выявляет связи между генотипом и иммунным фенотипом и предикторы ответа на блокаду иммунных контрольных точек

Атлас генома рака продемонстрировал геномные ландшафты злокачественных опухолей человека. Параллельно иммунотерапия преобразует лечение распространённых опухолей. К сожалению, большинство пациентов не отвечает на иммунотерапию, поэтому выявление предикторов ответа и механизмов резистентности стало предметом интенсивных исследований. Чтобы лучше понять взаимодействие опухоли с иммунными клетками, мы охарактеризовали внутритуморальные иммунные ландшафты и репертуары опухолевых антигенов при 20 солидных опухолях и создали Атлас иммунома рака (The Cancer Immunome Atlas; https://tcia.at/). Клеточная характеристика иммунных инфильтратов показала, что генотип опухоли определяет её иммунный фенотип и механизмы ускользания от иммунного надзора. С помощью машинного обучения мы выявили факторы, определяющие иммуногенность опухоли, и разработали систему количественной оценки — иммунофенотипический балл. В двух независимых когортах валидации иммунофенотипический балл оказался более точным предиктором ответа на антитела к цитотоксическому T-лимфоцитарному антигену 4 (CTLA-4) и белку программируемой клеточной смерти 1 (PD-1). Полученные результаты и созданный ресурс могут способствовать совершенствованию иммунотерапии рака и развитию прецизионной иммуноонкологии.