Показатели разнообразия для лучшего понимания микробных сообществ

За последние десятилетия микробиология, включая пищевую микробиологию, пережила период бурного развития, в ходе которого были решены крупные задачи. Ранее для изучения бактериального разнообразия в основном использовали культурально-зависимые методы. Однако культура-независимое высокопроизводительное секвенирование генов 16S рРНК значительно упростило исследования микробного состава и его динамики, связанных со здоровьем и заболеваниями. Такие ДНК-основанные культура-независимые исследования формируют массивы данных, описывающие микробный состав определённой ниши. Поэтому при изучении состава, функции и динамики микробиоты, связанной со здоровьем и заболеваниями, понимание микробного разнообразия приобретает всё большее значение. Хотя общего согласия относительно того, какой индекс разнообразия является оптимальным, нет, показатели разнообразия используют для сравнения разнообразия между образцами и между вмешательствами и контролем. Для описания разнообразия популяций в образцах можно использовать, в частности, индекс Шеннона — Уивера и индекс Симпсона. Цель этого обзора — объяснить принципы показателей разнообразия, таких как индексы Шеннона — Уивера и Симпсона, чтобы помочь микробиологам лучше понимать бактериальные сообщества. В обзоре рассматриваются важные вопросы, касающиеся микробного разнообразия. Информация из этого обзора должна способствовать разработке основанных на доказательствах подходов к изучению микробных сообществ.