Основы и методы прогнозирования эпитопов T- и B-клеток

Адаптивный иммунитет обеспечивается T- и B-лимфоцитами — иммунными клетками, способными формировать специфическую к возбудителю иммунологическую память, которая обеспечивает иммунную защиту. Функции B- и T-лимфоцитов, связанные с иммунологической памятью и эффекторным ответом, основаны на распознавании специализированными рецепторами определённых мишеней (антигенов) патогенов. В частности, B- и T-лимфоциты распознают участки соответствующих антигенов, называемые эпитопами. Выявление эпитопов в составе антигенов представляет большой практический интерес, в том числе для понимания этиологии заболеваний, иммунного мониторинга, разработки диагностических тестов и создания вакцин на основе эпитопов. Идентификация эпитопов требует значительных затрат времени и средств, поскольку предполагает экспериментальное исследование большого числа потенциальных кандидатов. К счастью, разработаны вычислительные методы прогнозирования, существенно снижающие трудоёмкость картирования эпитопов за счёт сокращения перечня кандидатов, подлежащих экспериментальной проверке. В настоящей работе анализируются особенности распознавания антигенов T- и B-лимфоцитами, имеющие значение для прогнозирования эпитопов. Кроме того, представлен систематический и всесторонний обзор наиболее значимых методов и инструментов прогнозирования эпитопов B- и T-клеток с особым вниманием к их теоретическим основам.