MetaBAT 2: адаптивный алгоритм биннинга для надёжной и эффективной реконструкции геномов из метагеномных сборок

Ранее мы описали MetaBAT — автоматизированный программный инструмент для биннинга метагеномов, позволяющий реконструировать отдельные геномы из микробных сообществ для последующего анализа некультивируемых микробных видов. MetaBAT стал одним из самых популярных инструментов биннинга главным образом благодаря вычислительной эффективности и простоте использования, особенно в экспериментах с большим числом образцов и крупной сборкой. MetaBAT требует от пользователя подбора параметров для настройки чувствительности и специфичности. Если параметры выбраны неправильно, точность биннинга может снижаться, особенно на сборках низкого качества. В настоящей работе мы разработали MetaBAT 2, чтобы устранить эту проблему. MetaBAT 2 использует новый адаптивный алгоритм биннинга, исключающий ручную настройку параметров. Мы также провели масштабную оптимизацию программной реализации, чтобы повысить вычислительную и память-эффективность. Сравнение MetaBAT 2 с альтернативными программными инструментами на более чем 100 реальных метагеномных сборках показало более высокую точность и скорость вычислений. Биннинг типичной метагеномной сборки занимает всего несколько минут на одной обычной рабочей станции. Поэтому мы рекомендуем сообществу использовать MetaBAT 2 в экспериментах по биннингу метагеномов. MetaBAT 2 — программное обеспечение с открытым исходным кодом, доступное по адресу https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat.