Понятие микробиома пересмотрено: старые представления и новые вызовы

Область исследований микробиома за последние десятилетия стремительно развивалась и стала предметом большого научного и общественного интереса. В результате столь быстрого роста интереса в разных областях до сих пор отсутствует четкое общепринятое определение термина «микробиом». Кроме того, нет консенсуса по наилучшим практикам исследований микробиома. Недавно группа международных экспертов обсудила существующие пробелы в рамках финансируемого Европейским союзом проекта MicrobiomeSupport. На встрече собрались около 40 ведущих специалистов из разных областей микробиомики, а более 100 экспертов со всего мира приняли участие в онлайн-опросе, сопровождавшем семинар. В статье представлены результаты семинара и соответствующего онлайн-опроса, дополненные кратким историческим введением и взглядом в будущее. Мы предлагаем определение микробиома, основанное на компактном, четком и исчерпывающем описании этого термина, предложенном Whipps и соавт. в 1988 году, с дополнениями в виде ряда новых рекомендаций с учетом последних технологических достижений и результатов исследований. Мы четко разделяем термины «микробиом» и «микробиота» и подробно обсуждаем состав микробиоты, гетерогенность и динамику микробиомов во времени и пространстве, стабильность и устойчивость микробных сетей, определение ядра микробиома, функционально значимых видов-ключей, а также коэволюционные принципы взаимодействий микробов с хозяином и межвидовых взаимодействий внутри микробиома. Эти широкие определения вместе с предлагаемыми объединяющими концепциями помогут улучшить стандартизацию исследований микробиома в будущем и могут стать отправной точкой для интегральной оценки данных, что приведет к более быстрому переносу знаний из фундаментальной науки в практику. Кроме того, стандарты микробиома важны для решения новых задач, связанных с антропогенно обусловленными изменениями в сфере здоровья планеты, где понимание микробиомов может играть ключевую роль. Видеоаннотация.