Масштабный ассоциативный анализ выявляет факторы хозяина, влияющие на состав кишечного микробиома человека

Для изучения влияния генетики хозяина на состав кишечного микробиома кишечника консорциум MiBioGen собрал и проанализировал данные полногеномного генотипирования и 16S-данные микробиома кала у 18 340 человек из 24 когорт. Состав микробиоты существенно различался между когортами: только 9 из 410 родов выявлялись более чем в 95% образцов. В исследовании ассоциаций по всему геному для генетической вариабельности хозяина в отношении микробных таксонов выявлено 31 локус, влияющий на микробиом на уровне общегеномной значимости (P < 5 × 10-8). Один локус, локус гена лактазы (LCT), достиг общепоисковой значимости (сигнал исследования ассоциаций по всему геному: P = 1,28 × 10-20) и демонстрировал возрастзависимую связь с численностью Bifidobacterium. Другие ассоциации были лишь предположительными (1,95 × 10-8 < P < 5 × 10-8), но обогащались таксонами с высокой наследуемостью и генами, экспрессируемыми в кишечнике и мозге. Феномная ассоциативная оценка и менделевская рандомизация выявили обогащение локусов признаков микробиома в областях метаболизма, питания и факторов окружающей среды и позволили предположить, что микробиом может причинно влиять на язвенный колит и ревматоидный артрит.