Сборка и сравнительный анализ полного митохондриального генома Suaeda glauca

Введение: Suaeda glauca (S. glauca) — галофит, широко распространённый на засолённых и песчаных побережьях и отличающийся высокой устойчивостью к засолению и щёлочности почвы. Это также ценное декоративное растение с большими перспективами практического использования и научного изучения. Хлоропластный геном S. glauca недавно был описан, однако митохондриальный геном до настоящего времени не исследовали.

Результаты: Митохондриальный геном S. glauca собран на основе данных секвенирования, полученных на платформах PacBio и Illumina. Кольцевой митохондриальный геном S. glauca имеет длину 474 330 п. н. и следующий нуклеотидный состав: A — 28,00%, T — 27,93%, C — 21,62%, G — 22,45%. Он содержит 61 ген: 27 генов, кодирующих белки, 29 генов тРНК и 5 генов рРНК. В митохондриальном геноме S. glauca выявлены последовательностные повторы, редактирование РНК и перенос генов из хлоропласта в митохондрии. Филогенетический анализ митохондриальных геномов S. glauca и ещё 28 таксонов позволил уточнить эволюционное и таксономическое положение S. glauca. Кроме того, при сравнении с другими наземными растениями изучены такие характеристики митохондриального генома S. glauca, как размер, содержание GC, организация генома и повторы генов, что продемонстрировало вариабельность митохондриальных геномов растений. Анализ соотношения Ka/Ks показал, что большинство генов митохондриального генома, кодирующих белки, подвергалось отрицательному отбору, что отражает их функциональную значимость.

Выводы: В настоящем исследовании выполнены сборка и аннотация митохондриального генома галофитного модельного растения S. glauca. Проведённый анализ позволил получить целостное представление о митохондриальном геноме S. glauca и может способствовать дальнейшему изучению солеустойчивых видов растений.