UBCG2: актуализированный набор генов бактериального ядра и конвейер для филогеномного анализа
UBCG2: Up-to-date bacterial core genes and pipeline for phylogenomic analysis
Аннотация
Реконструкция филогеномных деревьев стала рутинной и важной задачей для изучения эволюционных связей между видами бактерий. Наиболее распространённый метод основан на конкатенации генов ядра, которые присутствуют в одной копии у всех бактерий. В нашей предыдущей работе был разработан биоинформатический конвейер Up-to-date Bacterial Core Genes (UBCG) и отобран набор генов ядра бактерий на основе данных о 1429 видах, представляющих 28 типов. В настоящем исследовании сформирован обновлённый набор генов ядра бактерий UBCG2, отобранный по более обширной коллекции геномных последовательностей 3508 видов из 43 типов. UBCG2 включает 81 ген, относящийся к девяти функциональным категориям кластеров ортологичных групп (COG). Новый набор генов и полный конвейер доступны по адресу http://leb.snu.ac.kr/ubcg2.
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.