Модель риска, разработанная на основе микроокружения опухоли, прогнозирует общую выживаемость и связана с противоопухолевым иммунитетом у пациентов с аденокарциномой лёгкого

Сообщается, что микроокружение опухоли (TME) оказывает существенное влияние на рак лёгкого. Поэтому целью настоящего исследования было изучить гены, связанные с TME, и разработать на их основе показатель риска для прогнозирования общей выживаемости (ОВ) пациентов с аденокарциномой лёгкого (LUAD). Для пациентов с LUAD из базы данных The Cancer Genome Atlas (TCGA) с помощью алгоритма ESTIMATE были рассчитаны показатели иммунной и стромальной составляющих. Для выявления генов, связанных с иммунной и стромальной составляющими, использовали анализ дифференциально экспрессируемых генов и анализ взвешенной сети коэкспрессии генов. Для дальнейшего отбора применяли регрессию LASSO–Cox, после чего отобранные гены включили в пошаговую регрессионную модель для разработки показателя риска, связанного с TME (TMErisk); затем его валидировали в наборах данных Gene Expression Omnibus (GEO). Биологические фенотипы, связанные с TMErisk, анализировали с помощью функционального обогащения, оценки профиля опухолевого иммунитета и профиля мутаций опухоли. Ответ пациентов на иммунотерапию оценивали по показателю дисфункции и исключения опухолевого иммунитета (TIDE) и иммунофенотипическому баллу (IPS). Согласно полученным результатам, TMErisk был разработан на основе генов SERPINE1, CX3CR1, CD200R1, GBP1, IRF1, STAP1, LOX и OR7E47P. Кроме того, высокий TMErisk был неблагоприятным фактором общей выживаемости в базах данных TCGA и GEO, а также при анализе подгрупп, сформированных с учётом пола, статуса курения, возраста, расы, анатомической локализации, проводимой терапии и стадии по системе TNM. Более высокий TMErisk также отрицательно коррелировал с содержанием B-клеток, CD4+ T-клеток, CD8+ T-клеток, нейтрофилов, макрофагов и других стромальных или иммунных клеток. В группе с высоким TMErisk отмечалась более низкая экспрессия нескольких генов семейства человеческого лейкоцитарного антигена (HLA) и иммунных контрольных точек. Мутации 19 генов чаще встречались в группе с высоким TMErisk. Эти мутации могут быть связаны с изменениями TME и указывать на ответ пациентов на иммунотерапию. Согласно результатам анализа, более низкий показатель TMErisk может указывать на лучший ответ на иммунотерапию и более благоприятный исход по ОВ.