Количественная протеомика выявляет ядро протеома экзосом: синтенин-1 — наиболее представленный белок и предполагаемый универсальный биомаркер

Экзосомы представляют собой внеклеточные везикулы, происходящие из эндосомального компартмента и, вероятно, участвующие в межклеточной коммуникации. Мы показали, что часто используемые биомаркеры экзосом неоднородны и не обладают универсальной применимостью для разных типов клеток. Для выявления повсеместно присутствующих и высоко представленных белков применяли объективный количественный протеомный подход, основанный на сверхстабильном изотопном мечении аминокислот в культуре клеток (super-SILAC), в сочетании с масс-спектрометрией высокого разрешения. В общей сложности в протеоме экзосом было количественно определено 1212 белков независимо от клеточного источника и метода выделения. Двадцать два белка были универсально обогащены. У 15 белков содержание в протеоме экзосом стабильно снижалось по сравнению с клетками. Среди обогащённых белков были выявлены белки, связанные с биогенезом, ГТФазы и мембранные белки, такие как CD47 и ITGB1. Группа белков с пониженным содержанием в экзосомах преимущественно состояла из ядерных белков. Синтенин-1 оказался стабильно представленным белком в экзосомах различного клеточного происхождения. Он также присутствует в экзосомах разных видов и биологических жидкостей, что указывает на возможность его использования в качестве предполагаемого универсального биомаркера экзосом. Наше исследование представляет собой подробный количественный атлас белков, составляющих ядро протеома экзосом и повсеместно присутствующих в них, который может служить ресурсом для научного сообщества.