Фреймворк, основанный на доказательствах, для оценки фармакогеномических данных в персонализированной медицине

Клинические аннотации — один из наиболее востребованных ресурсов базы знаний по фармакогеномике PharmGKB. Каждая клиническая аннотация суммирует связь между парой «вариант — препарат», приводит релевантные данные из отобранной литературы и получает уровень доказательности (LOE), отражающий силу поддержки этой связи.

Доказательства из фармакогеномической литературы вручную отбираются в PharmGKB в виде аннотаций вариантов; их можно использовать для создания новых клинических аннотаций или добавления к уже существующим. Это означает, что над одной и той же клинической аннотацией в разное время могут работать несколько кураторов. По мере накопления новых данных в PharmGKB поддерживать единообразие при оценке всей доступной доказательной базы и присвоении LOE становится все труднее. Чтобы решить эту проблему, была разработана система балльной оценки, автоматизирующая присвоение LOE клиническим аннотациям. Аннотации вариантов оцениваются по ряду признаков, включая размер исследования, указанное значение P и то, подтверждает ли аннотация наличие ассоциации или, напротив, не выявляет ее. Баллы также присваиваются клиническим рекомендациям или одобренным Управлением по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA) инструкциям по применению препарата, если они содержат рекомендации по назначению с учетом варианта. Сумма баллов всех аннотаций, связанных с клинической аннотацией, дает итоговый балл клинической аннотации, по которому вычисляется LOE. В целом эта система повышает прозрачность, согласованность и воспроизводимость присвоения LOE клиническим аннотациям. В сочетании с дальнейшей стандартизацией написания клинических аннотаций использование этой системы помогает поддерживать клинические аннотации PharmGKB как надежный источник фармакогеномической информации.