Полногеномный анализ гена CHD1L при папиллярном раке щитовидной железы на фоне сахарного диабета 2-го типа

Цель: Папиллярный рак щитовидной железы (ПРЩЖ) — наиболее распространённый подтип рака щитовидной железы. Цель исследования — оценить возможное влияние CHD1L на ПРЩЖ и сахарный диабет 2-го типа (СД2).

Методы: Гены предрасположенности к СД2 искали в базе GWAS, а связанные с СД2 дифференциально экспрессируемые гены — в базе GEO. Данные об экспрессии генов и клинических характеристиках пациентов с раком щитовидной железы и здоровых лиц получили из базы TCGA. Для оценки чувствительности и специфичности CHD1L при диагностике ПРЩЖ провели анализ ROC-кривой. С помощью пакета MCP-counter для R рассчитали показатели иммунных клеток и оценили связь экспрессии CHD1L с их представленностью. Затем провели функциональный анализ обогащения совместно экспрессируемых генов и дифференциально экспрессируемых генов, чтобы определить значимо обогащённые термины GO и пути KEGG и предположить возможные функции CHD1L в образцах ПРЩЖ и жировой ткани при СД2.

Результаты: Два гена — ABCB9 и CHD1L — были выявлены как дифференциально экспрессируемые гены (p < 1 × 10⁻⁵), связанные с выживаемостью при ПРЩЖ (HR > 1, p < 0,05) и являющиеся генами предрасположенности к СД2. Оценка иммунных клеток на основе матрицы экспрессии генов показала значимые различия микроокружения опухоли между образцами ПРЩЖ с высокой и низкой экспрессией CHD1L. Анализ обогащения совместно экспрессируемых с CHD1L генов и дифференциально экспрессируемых генов показал, что CHD1L может участвовать в регуляции развития ПРЩЖ через несколько сигнальных путей. Наиболее тесно с CHD1L были связаны пути инфекции, вызванной герпесвирусом саркомы Капоши, инфекции сальмонеллами и сигнальный путь TNF. Анализ GSEA наборов данных по образцам ПРЩЖ и жировой ткани при СД2 с высокой и низкой экспрессией CHD1L показал, что различия в экспрессии генов связаны с сигнальным путём хемокинов, трансэндотелиальной миграцией лейкоцитов и сигнальным путём рецептора Т-клеток.

Выводы: CHD1L может служить потенциальным биомаркером ранней диагностики ПРЩЖ и мишенью для иммунотерапии ПРЩЖ и СД2.