AutoDock Vina 1.2.0: новые методы докинга, расширенное силовое поле и привязки Python

AutoDock Vina — одна из самых быстрых и широко используемых программ с открытым исходным кодом для молекулярного докинга. Однако по сравнению с другими программами пакета AutoDock Suite она не поддерживала моделирование некоторых особенностей, например макроциклов и отдельных молекул воды. В этой работе описана реализация этих возможностей в AutoDock Vina 1.2.0. Кроме того, AutoDock Vina 1.2.0 поддерживает функцию оценки AutoDock4.2, одновременный докинг нескольких лигандов и пакетный режим для докинга большого числа лигандов. Также реализованы привязки Python, упрощающие написание сценариев и разработку рабочих процессов докинга. Эта работа направлена на объединение возможностей AutoDock4 и AutoDock Vina. Исходный код доступен по адресу https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina.