Совершенствование методов выявления инфекции SARS-CoV-2 для борьбы с пандемией COVID-19

Наличие специфичных и надёжных тестов для выявления генома и белков SARS-CoV-2 — один из важнейших инструментов борьбы с пандемией COVID-19. Такие тесты необходимы для выявления инфекции у людей с подозрением на неё, диагностики симптомной и бессимптомной инфекции, а также подтверждения элиминации вируса после перенесённой инфекции. Для этих целей количественная ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) остаётся наиболее ценным методом выявления вирусной нуклеиновой кислоты благодаря специфичности, быстрому получению результата, высокой пропускной способности и надёжности. Для выявления новых вариантов необходимо своевременно обновлять последовательности праймеров и зондов. Различные тесты, выявляющие повышенный уровень антител IgG или IgM, применяют для выявления текущей или перенесённой инфекции, оценки ответа на вакцинацию и его сохранения, а также обнаружения высоких титров нейтрализующих антител у выздоровевших. Секвенирование генома вируса всё чаще используют для отслеживания источников инфекции, мониторинга мутаций и классификации подтипов. В диагностике оно менее ценно из-за ограниченной пропускной способности и высокой стоимости. Для быстрого получения данных секвенирования доступны портативные системы нанопорового секвенирования целевых участков. Новые тесты на основе CRISPR-Cas, например SHERLOCK и AIOD-CRISPR, могут обеспечить быстрое выявление генома вируса, в том числе в местах оказания медицинской помощи. Кроме того, зонды на основе аптамеров могут применяться для создания портативных тестов с высокой пропускной способностью и флуоресцентными или хемилюминесцентными метками для выявления вирусных белков. Таким образом, доступны тесты для выявления генома и белков вируса, а выбор конкретного метода зависит от целей профилактики, диагностики и контроля пандемии либо мониторинга эффективности вакцинации.