Развитие методов анализа данных пространственной транскриптомики

Пространственная транскриптомика — быстро развивающаяся область, позволяющая комплексно характеризовать организацию и архитектуру тканей на одноклеточном или субклеточном уровне. Такие сведения создают надежную основу для механистического понимания многих биологических процессов в норме и при заболеваниях, которое невозможно получить с помощью традиционных технологий. Разработка вычислительных методов имеет важное значение для извлечения биологических сигналов из исходных данных. Созданы различные подходы для преодоления специфичных для технологий ограничений, включая пространственное разрешение, охват генов, чувствительность и технические смещения. Инструменты последующего анализа позволяют представить пространственную организацию и межклеточные взаимодействия в виде количественно оцениваемых характеристик и содержат алгоритмы для их вычисления. Интегрированные конвейеры объединяют несколько инструментов в одном пакете, благодаря чему биологи могут удобно анализировать данные от начала до конца. В этом обзоре обобщены современные методы и конвейеры анализа данных пространственной транскриптомики, а также рассмотрены особенности их работы на различных технологических платформах.