ATTED-II v11: база данных коэкспрессии генов растений с балансировкой выборок методом субаггинга главных компонент

ATTED-II (https://atted.jp) — база данных коэкспрессии генов девяти видов растений, созданная на основе общедоступных данных RNA-seq и микроматричного анализа. Одна из проблем построения независимых от условий данных о коэкспрессии на основе общедоступных данных об экспрессии генов заключается в учёте присущего им смещения выборки. В настоящей работе представлена версия 11 базы данных ATTED-II, в которой для балансировки выборок при расчёте коэкспрессии применена методика, основанная на анализе главных компонент и ансамблевых вычислениях. Этот подход имеет два преимущества. Во-первых, исключение главных компонент с низким вкладом снижает влияние основных источников шума. Во-вторых, балансировка значительных различий во вкладах позволяет полноценно учитывать различные условия получения образцов. Кроме того, на основе данных о коэкспрессии, полученных методами RNA-seq и микрочипового анализа, представлены интегрированные данные, репрезентативные для отдельных видов, что повышает эффективность межвидового сравнения данных о коэкспрессии. Эти данные представлены в виде стандартизированных z-оценок, что облегчает интегрированный анализ с использованием различных источников данных. Мы считаем, что благодаря этим усовершенствованиям ATTED-II станет более ценной и мощной базой для межвидовых сравнительных исследований и интегрированного анализа разнородных данных.