Секвенирование нового поколения: возможности для углубления клинических исследований микробиома

Технология секвенирования нового поколения (NGS) расширила наше понимание микробиома человека, позволив выявлять и характеризовать некультивируемые микроорганизмы с прогнозированием их функции. К основным методам NGS относятся секвенирование гена 16S рРНК, полногеномное метагеномное секвенирование и секвенирование РНК. Выбор подходящего метода NGS для конкретной задачи часто неочевиден для практикующих врачей и исследователей. В этом обзоре мы излагаем основы NGS с акцентом на секвенирование 16S рРНК и полногеномное метагеномное секвенирование. Также обсуждаются преимущества и недостатки каждого метода, а также важные аспекты вариабельности данных, дизайна исследования и сбора клинических метаданных. Кроме того, мы приводим примеры того, как исследования микробиома человека с применением NGS расширили наше понимание патофизиологии заболеваний человека в различных клинических контекстах, включая разработку диагностических и терапевтических подходов. Наконец, мы приводим соображения о том, как NGS может и далее интегрироваться в исследование микробиома и клиническую практику в ближайшие годы.