Оптимальные подходы к метабаркодированию грибов: от планирования эксперимента до анализа результатов

Развитие технологий высокопроизводительного секвенирования значительно расширило наши возможности по идентификации грибов и изучению их экологической роли в различных экосистемах. В статье представлен обзор современных оптимальных подходов к анализу грибных сообществ методом метабаркодирования — от планирования эксперимента до молекулярного и вычислительного анализа. Повторный анализ опубликованных наборов данных показал, что операционные таксономические единицы (OTU) эффективнее ампликонных вариантов последовательностей (ASV) выявляют разнообразие грибов; особенно заметно это при использовании длинных маркеров. Кроме того, анализ полноразмерного участка ITS обеспечивает более точное таксономическое отнесение грибов и других эукариот по сравнению с анализом субрегиона ITS2. Наконец, показано, что специальные методы анализа композиционных данных позволяют надёжнее оценивать изменения структуры сообществ. Метабаркодирование грибов особенно перспективно для включения грибов в контекст всего микробиома и функционирования экосистем, выявления новых линий грибов и древних организмов, а также баркодирования старых образцов, включая типовой материал.