Длинные некодирующие РНК, связанные с купроптозом, позволяют прогнозировать выживаемость и иммунный ответ при аденокарциноме лёгкого

Введение: Аденокарцинома лёгкого составляет 50% случаев рака лёгкого, характеризуется высокой смертностью и неблагоприятным прогнозом. Длинные некодирующие РНК играют важную роль в прогрессировании опухолей. Купроптоз — недавно открытая форма клеточной гибели, активно изучаемая в настоящее время. Целью настоящего исследования было оценить прогностическую значимость профиля длинных некодирующих РНК, связанных с купроптозом, его связь с эффективностью иммунотерапии и чувствительностью к лекарственным препаратам.

Материалы и методы: Геномные и клинические данные получали из баз The Cancer Genome Atlas (TCGA) и Gene Expression Omnibus (GEO), а гены, связанные с купроптозом, — из соответствующих исследований. Прогностический профиль формировали с помощью анализа коэкспрессии и регрессионного анализа Кокса. Пациентов разделили на группы высокого и низкого риска, после чего провели серию дополнительных валидаций модели для оценки её прогностической ценности. Затем для длинных некодирующих РНК выполняли анализ онтологии генов (GO), обогащения по базе Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), иммунных функций и мутационной нагрузки опухоли (TMB). Наконец, с помощью алгоритмов дисфункции и исключения опухолевого иммунитета (TIDE) оценили иммунное уклонение и потенциальную эффективность иммунотерапии при профилях длинных некодирующих РНК, связанных с купроптозом, а также определили чувствительность к потенциальным лекарственным препаратам при аденокарциноме лёгкого.

Результаты: Были выявлены 16 длинных некодирующих РНК, связанных с купроптозом, и разработан прогностический профиль. У пациентов группы высокого риска отмечались худшие показатели общей выживаемости и выживаемости без прогрессирования, а также более высокая смертность. Независимый прогностический анализ, ROC-анализ, индекс согласия и номограмма показали, что длинные некодирующие РНК, связанные с купроптозом, позволяют точно прогнозировать исход заболевания. Номограмма и тепловая карта продемонстрировали чёткие различия в распределении профилей длинных некодирующих РНК, связанных с купроптозом, в группах высокого и низкого риска. Анализ обогащения показал, что биологические функции этих длинных некодирующих РНК связаны с развитием опухоли. Кроме того, у пациентов группы высокого риска, у которых выявлялись мутации онкогенов, были подавлены иммунные функции, включая противовирусную активность. У пациентов с высокой мутационной нагрузкой опухоли общая выживаемость была ниже. Согласно алгоритмам TIDE, у пациентов группы высокого риска была выше вероятность иммунного уклонения и ниже потенциальная эффективность иммунотерапии.

Выводы: Профиль из 16 длинных некодирующих РНК, связанных с купроптозом, позволяет точно прогнозировать исход заболевания у пациентов с аденокарциномой лёгкого и может способствовать совершенствованию клинических подходов и иммунотерапии.