Таксономическое примечание о роде Prevotella: описание четырёх новых родов и уточнённые описания родов Hallella и Xylanibacter

По состоянию на июнь 2021 года род Prevotella включает 55 видов с валидно опубликованными правильными названиями; виды этого рода разнообразны по фенотипическим, экологическим и функциональным характеристикам. Для выявления различий между 53 видами, геномы которых доступны, двумя видами с эффективно опубликованными, но невалидными названиями и четырьмя новыми видами использовали комплекс методов сравнительного геномного анализа: филогению геномов на основе маркерных генов, филогению корового генома, среднюю идентичность аминокислотных последовательностей, долю консервативных белков и маркерные гены, специфичные для клад. Различия были согласованными при использовании разных методов анализа и обосновывают разделение Prevotella на несколько родов. Распространение видов в 19 типах экосистем было уникальным для каждого вида и не имело устойчивой связи с принадлежностью к кладам, тогда как анализ функционального репертуара по наличию или отсутствию PFAM и семейств CAZy выявил отчётливую группировку в соответствии с предлагаемыми родами. На основании совокупности результатов предлагается разделить виды, ранее относившиеся к роду Prevotella, между семью родами, в том числе четырьмя новыми, для которых предложены названия Segatella, Hoylesella, Leyella и Palleniella. Помимо пересмотра классификации Prevotella, в работе описаны четыре новых вида: Hallella faecis, Xylanibacter rodentium, Xylanibacter muris и Palleniella intestinalis.