FinnGen выявляет генетические особенности в хорошо фенотипированной изолированной популяции

Изолированные популяции, такие как финская, полезны для генетических исследований, поскольку вредные аллели часто концентрируются в небольшом числе вариантов с низкой частотой (0,1% ≤ частота минорного аллеля < 5%). Такие варианты сохранились после эффекта основательского бутылочного горлышка, а не распределились по множеству сверхредких вариантов. Хотя этот эффект хорошо известен в менделевской генетике, его значение для генетики распространённых заболеваний изучено меньше. Цель FinnGen — исследовать геном и данные национальных регистров здоровья 500 000 жителей Финляндии. С учётом сравнительно высокого медианного возраста участников (63 года) и значительной доли набора в стационарах FinnGen обогащён исходами заболеваний. В настоящей работе мы проанализировали данные 224 737 участников FinnGen и изучили 15 заболеваний, ранее исследованных в крупных полногеномных исследованиях ассоциаций (GWAS). Мы также включили метаанализы данных биобанков Эстонии и Великобритании. Мы выявили 30 новых ассоциаций, преимущественно с вариантами низкой частоты, обогащёнными в финской популяции. GWAS по 1 932 заболеваниям также выявило 2 733 значимые по всему геному ассоциации (893 значимые по феному, PWS, P < 2,6 × 10) в 2 496 (771 PWS) независимых локусах с 807 (247 PWS) исходами. Среди них тонкое картирование указало на 148 (73 PWS) кодирующих вариантов, ассоциированных с 83 (42 PWS) исходами. Кроме того, 91 (47 PWS) вариант имел частоту аллеля <5% у лиц не финского европейского происхождения, из которых 62 (32 PWS) были более чем в два раза обогащены в Финляндии. Эти результаты демонстрируют, что популяции, прошедшие через бутылочное горлышко, позволяют находить входы в биологию распространённых заболеваний через варианты с низкой частотой и высоким эффектом.1,2-11