Молекулярно-динамическое и мультиспектроскопическое исследование взаимодействия ребеккамицина с ДНК тимуса телёнка и клетками рака мочевого пузыря: индукция апоптоза при подавлении сигнального пути PI3K/AKT

Методами молекулярной динамики, мультиспектроскопии и клеточными методами изучали взаимодействие ребеккамицина с ДНК тимуса телёнка (ctDNA) в отсутствие и присутствии H1. По данным флуоресцентной спектроскопии и спектроскопии кругового дихроизма, в отсутствие H1 ребеккамицин связывался с ctDNA посредством интеркаляции или связывания с малой бороздкой; в присутствии H1 выявлены интеркаляция как преобладающий способ связывания и связывание с бороздкой. Рассчитанные константы связывания — 1,22 × 10 M и 7,92 × 10 M в отсутствие и присутствии H1 соответственно — свидетельствовали о прочном связывании ребеккамицина с ctDNA. Константы связывания ребеккамицина с ctDNA в отсутствие и присутствии H1 рассчитывали при 298, 303 и 308 K. Согласно термодинамическим параметрам (ΔH и ΔS), ведущую роль в связывании ребеккамицина с ctDNA как в отсутствие, так и в присутствии H1 играли силы Ван-дер-Ваальса и водородные связи. Результаты спектроскопии кругового дихроизма показали, что взаимодействие с ребеккамицином не вызывает значительных конформационных изменений ctDNA, хотя и приводит к локальным нарушениям нативной B-ДНК. Влияние NaCl и KI на комплекс ctDNA—ребеккамицин также подтвердило, что способы их взаимодействия зависят от заместительных групп. Увеличение относительной вязкости ctDNA по мере повышения концентрации ребеккамицина подтвердило интеркаляцию и связывание с бороздкой в отсутствие и присутствии H1 соответственно. Результаты молекулярного докинга согласовались с экспериментальными данными и показали эффективность ребеккамицина в подавлении пролиферации клеток T24 и 5637. Кроме того, было показано, что ребеккамицин подавляет пролиферацию клеток и рост опухоли, индуцируя апоптоз посредством подавления сигнального пути PI3K/AKT. 4-15-100