RefFinder: веб-инструмент для комплексного анализа и выявления референсных генов

Хотя в качестве референсных можно использовать разные гены, выбор разных генов может приводить к различным профилям экспрессии: ни один ген не экспрессируется стабильно во всех исследуемых тканях организма при любых условиях окружающей среды и на всех этапах развития. Поэтому перед анализом экспрессии генов всё важнее и необходимее подбирать подходящие референсные гены. В настоящее время доступны несколько вычислительных инструментов для оценки стабильности экспрессии генов-кандидатов в качестве референсных. Они используют разные статистические алгоритмы и в рамках одного исследования могут давать разные ранги стабильности одних и тех же генов. На момент публикации RefFinder был единственным доступным веб-инструментом для сравнения и оценки генов домашнего хозяйства в качестве кандидатов на роль референсных. В RefFinder объединены четыре доступные вычислительные программы для оценки стабильности и надёжности референсных генов: geNorm, NormFinder, BestKeeper и метод сравнительного ΔCt. На основании рангов стабильности, рассчитанных каждой из четырёх программ, каждому гену присваивается соответствующий вес, а для формирования итогового ранжирования вычисляется геометрическое среднее весов. Помимо итогового ранга, для оценки генов-кандидатов можно выбрать одну программу или любое сочетание четырёх программ. Инструмент широко используется и прошёл проверку во многих лабораториях по всему миру. Он доступен по адресу http://www.heartcure.com.au/reffinder/ или https://blooge.cn/RefFinder/. Алгоритм также можно скачать с https://github.com/fulxie/RefFinder и установить на собственный компьютер. RefFinder разработан на PHP. Пользователи могут развернуть его на сервере на базе PHP (Apache + PHP) и запускать.