Вирусные возбудители инфекций дыхательных путей, выявленные в 2019–2021 годах, COVID-19 и коинфекции

Инфекции дыхательных путей — одна из основных причин заболеваемости и смертности во всех возрастных группах и серьёзная проблема общественного здравоохранения во всём мире. Целью настоящего исследования было оценить влияние пандемии на эпидемиологические и сезонные характеристики возбудителей на основании анализа вирусных возбудителей инфекций дыхательных путей, вирусных коинфекций и их сочетания с коронавирусной инфекцией 2019 года (COVID-19), выявленных методом мультиплексной полимеразной цепной реакции (ПЦР) в лаборатории молекулярной микробиологии за трёхлетний период, включавший год до начала пандемии. В исследование включили 8825 образцов из дыхательных путей, поступивших в лабораторию молекулярной микробиологии в период с марта 2019 года по декабрь 2021 года для проведения мультиплексной ПЦР на возбудителей инфекций дыхательных путей. Кроме того, ретроспективно оценили результаты ПЦР на вирус SARS-CoV-2 у пациентов с положительными результатами мультиплексной ПЦР на возбудителей инфекций дыхательных путей, если исследование на SARS-CoV-2 проводилось в пределах ±3 дней. Вирусные возбудители инфекций дыхательных путей выявляли с помощью набора FTD Respiratory Pathogens 21 (Fast Tract Diagnostics, компания Siemens Healthineers). Для выявления РНК SARS-CoV-2 в разные периоды использовали два набора на основе ПЦР с обратной транскрипцией в реальном времени. По результатам исследования, по меньшей мере один вирусный возбудитель выявили в 2156 из 8825 образцов (24,4%); в 1843 из них (85,5%) был выявлен только один возбудитель. Среди образцов с одним возбудителем вирусы располагались по частоте выявления в следующем порядке: риновирус (RV), респираторный синцитиальный вирус типов A/B (RSV A/B), человеческие коронавирусы (HCoV), аденовирус (AdV), вирус гриппа A, метапневмовирус типов A/B (MPV A/B), вирусы парагриппа типов 1–4 (PIV 1–4), вирус гриппа B, энтеровирус (EV), бокавирус (BoV) и пареховирус (PeV). В 313 из 2156 образцов (14,5%) выявили несколько возбудителей: два возбудителя — в 291 образце, три — в 21 образце, четыре — в одном образце. При ретроспективной оценке результатов ПЦР на SARS-CoV-2 у пациентов с положительной мультиплексной ПЦР на возбудителей инфекций дыхательных путей, которым исследование на SARS-CoV-2 проводилось в пределах ±3 дней, РНК SARS-CoV-2 выявили в 45 из 1277 образцов, содержащих по меньшей мере один возбудитель (3,5%). У четырёх из этих пациентов SARS-CoV-2 выявляли одновременно с несколькими другими возбудителями. Таким образом, в период пандемии распространённость всех вирусных возбудителей резко снизилась. Было высказано предположение, что на это повлияли не только инфекции COVID-19, но и ограничения, введённые в период пандемии.