Хирургическое лечение болезни Крона связано с дисбиотическими изменениями микробиома и метаболома: результаты двух проспективных когортных исследований

Введение: Болезнь Крона связана с изменениями кишечного микробиома и метаболома, которые характеризуются как дисбиоз. Мы изучили микробные и метаболические последствия резекции подвздошной кишки — наиболее распространённого хирургического вмешательства при болезни Крона.

Методы: Пациентов, перенёсших и не перенёсших резекцию кишечника, отбирали из исследований «Диета для индукции ремиссии при болезни Крона» и «Проспективная когорта взрослых пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника». Образцы кала исследовали методом полногеномного метагеномного секвенирования. Концентрацию бутирата в кале определяли методом спектроскопии ядерного магнитного резонанса с использованием 1H. Желчные кислоты в кале и концентрацию 7α-гидрокси-4-холестен-3-она (C4) в плазме измеряли методом масс-спектрометрии.

Результаты: Резекция кишечника была связана со снижением альфа-разнообразия и изменением бета-разнообразия микробиома, увеличением доли Proteobacteria и уменьшением доли Bacteroidetes и Firmicutes. После хирургического вмешательства увеличивалась представленность генов пути KEGG, связанного с транспортёрами ABC, и уменьшалось количество генов, участвующих в бактериальном метаболизме. Хирургическое вмешательство было связано со снижением количества генов But, однако это не сопровождалось уменьшением концентрации бутирата в кале. После операции уменьшалась представленность генов оперона bai, повышалась концентрация C4 в плазме, увеличивалось содержание первичных желчных кислот и снижалось содержание вторичных желчных кислот, включая isoLCA. Кроме того, в обеих когортах у пациентов, ранее перенёсших операцию, была снижена представленность Egerthella lenta, Adlercreutzia equolifaciens и Gordonibacter pamelaeae.

Выводы: В двух разных популяциях перенесённое хирургическое вмешательство при болезни Крона было связано с изменениями микробиома кишечника. У пациентов после резекции подвздошной кишки снижалась представленность потенциально полезных бактерий, включая E. lenta и родственные актинобактерии, а также вторичных желчных кислот, включая isoLCA. Это позволяет предположить, что данные показатели могут служить биомаркерами повышенного риска прогрессирования заболевания.