Мультиомный анализ выявил RNASE6 как РНК-связывающий белок — регулятор иммунитета, ассоциированный с метастазированием меланомы

Введение: Меланома кожи — высокоинвазивная опухоль. Она усиливает метастазирование и устойчивость к иммунотерапии посредством иммуносупрессивных механизмов. Роль РНК-связывающих белков в иммунных изменениях при меланоме изучена недостаточно. В этом исследовании изучали иммунорегуляторные РНК-связывающие белки, ассоциированные с метастазированием, и уточняли роль RNASE6 в регуляции иммунитета.

Методы: С использованием наборов данных bulk RNA-seq при меланоме иммунный статус образцов оценивали методами CIBERSORT и ESTIMATE. Для выявления иммунорегуляторных РНК-связывающих белков, ассоциированных с метастазированием, применяли WGCNA и пять алгоритмов машинного обучения. Роль RNASE6 дополнительно изучали с помощью регрессии Кокса, анализа выживаемости Kaplan–Meier и анализа обогащения наборов генов (GSEA). Для демонстрации причинно-следственной связи между RNASE6 и меланомой использовали менделевскую рандомизацию на основе данных GWAS. С использованием набора данных scRNA-seq регуляторное влияние RNASE6 на макрофаги оценивали путем построения регуляторной сети. Наконец, ключевую роль RNASE6 в поляризации макрофагов подтвердили в экспериментах на клеточных культурах.

Результаты: С помощью WGCNA и машинного обучения выявлены девять иммунорегуляторных РНК-связывающих белков, ассоциированных с метастазированием меланомы: CCDC86, CPEB3, EXO1, FASTKD2, MBNL1, RNASE6, RUVBL2, TLR8 и URB2. Среди них RNASE6 оказался ключевым регулятором: его экспрессия была тесно положительно связана с поляризацией макрофагов по типу M1 и подавлением метастазирования. Высокая экспрессия RNASE6 также коррелировала с лучшим прогнозом и более благоприятным ответом на терапию анти-PD-1. Менделевская рандомизация показала, что RNASE6 является защитным фактором при меланоме. Регуляторная сеть продемонстрировала влияние RNASE6 на несколько маркеров поляризации макрофагов. В клеточных экспериментах подтверждено неблагоприятное влияние подавления экспрессии RNASE6 на поляризацию макрофагов по типу M1.

Выводы: RNASE6 представляет собой иммунорегуляторный РНК-связывающий белок при меланоме, способный влиять на прогрессирование метастазирования и результаты иммунотерапии посредством стимуляции поляризации макрофагов по типу M1.