ZINC — бесплатная база данных коммерчески доступных соединений для виртуального скрининга

Серьёзным препятствием для проведения виртуального скрининга на основе структуры является отсутствие подходящей и легкодоступной базы приобретаемых соединений. Поэтому мы подготовили библиотеку из 727 842 молекул с трёхмерными структурами на основе каталогов поставщиков; библиотека продолжает пополняться. Для молекул заданы биологически значимые состояния протонирования и указаны такие свойства, как молекулярная масса, расчётное значение LogP и число вращающихся связей. Для каждой молекулы приведены сведения о поставщике и условиях приобретения; она подготовлена для докинга с помощью ряда распространённых программ. В определённых пределах молекулы представлены в нескольких состояниях протонирования и таутомерных формах. В одном из форматов для молекул доступны несколько конформаций. Базу данных можно бесплатно скачать (http://zinc.docking.org) в нескольких распространённых форматах, включая SMILES, mol2, 3D SDF и формат DOCK flexibase. Веб-инструмент поиска с интерфейсом для рисования молекул позволяет выполнять поиск и просмотр базы, а также формировать подмножества соединений. Пользователи могут обрабатывать собственные молекулы, загружая их на сервер. Мы надеемся, что эта база данных сделает библиотеки для виртуального скрининга доступными широкому кругу специалистов по структурной биологии и медицинской химии.