Сообщества почвенных бактерий и грибов вдоль градиента pH в пахотной почве

Почвы, отобранные в ходе длительного опыта по известкованию (pH 4,0–8,3), в котором вариабельность факторов, кроме pH, была минимизирована, использовали для изучения прямого влияния pH на численность и состав двух основных таксонов почвенной микробиоты — грибов и бактерий. Мы предположили, что бактериальные сообщества будут сильнее зависеть от pH, чем грибные сообщества. Для оценки относительной численности бактерий и грибов использовали количественную ПЦР (qPCR), а для анализа состава и разнообразия бактериальных и грибных сообществ — баркодированное пиросеквенирование. Как относительная численность бактерий, так и их разнообразие положительно коррелировали с pH; последнее почти удваивалось при повышении pH с 4 до 8. Напротив, относительная численность грибов не зависела от pH, а грибное разнообразие было связано с ним лишь слабо. Состав бактериальных сообществ тесно определялся pH почвы; вариабельность состава бактериальных сообществ на протяжении 180 м в этом опыте по известкованию была такой же, как и в почвах, собранных из широкого диапазона биомов Северной и Южной Америки, что подчеркивает доминирующую роль pH в формировании бактериальных сообществ. Очевидное прямое влияние pH на состав бактериальных сообществ, вероятно, обусловлено узким диапазоном pH, оптимальным для роста бактерий. Состав грибных сообществ был менее сильно связан с pH, что согласуется с исследованиями чистых культур и показывает, что для грибов обычно характерны более широкие диапазоны pH, оптимальные для роста.