pROC: пакет с открытым исходным кодом для анализа и сравнения ROC-кривых в R и S+

Введение: ROC-кривые широко применяются для оценки классификаторов в биомедицинских и биоинформатических исследованиях. Однако выводы нередко делают при непоследовательном использовании методов или недостаточном статистическом анализе. Для поддержки исследователей при анализе ROC-кривых разработан pROC — пакет для R и S+, включающий набор инструментов для визуализации, анализа, сглаживания и сравнения ROC-кривых в удобном, объектно-ориентированном и гибком интерфейсе.

Результаты: На основе данных, предварительно загруженных в среду R или S+, пакет pROC строит ROC-кривые и включает функции для расчёта доверительных интервалов, проведения статистических тестов сравнения общей или частичной площади под кривой, а также рабочих точек различных классификаторов. Предусмотрены методы сглаживания ROC-кривых. Промежуточные и итоговые результаты визуализируются в удобных интерфейсах. На примере опубликованных клинических и биомаркерных данных показано выполнение типичного ROC-анализа с помощью pROC.

Выводы: pROC — пакет для R и S+, специально предназначенный для анализа ROC-кривых. Он предлагает несколько статистических тестов для их сравнения, в частности сравнения частичных площадей под кривой, что позволяет корректно интерпретировать ROC-кривые. Пакет доступен в двух вариантах: на языке программирования R и с графическим интерфейсом в статистическом программном обеспечении S+. Пакет размещён по адресу http://expasy.org/tools/pROC/ на условиях лицензии GNU General Public License. Он также распространяется через общедоступные репозитории CRAN и CSAN, что упрощает его установку.