ACPYPE — интерфейс-анализатор AnteChamber на языке Python

Введение: ACPYPE (AnteChamber PYthon Parser interfacE) — оболочка для программного комплекса ANTECHAMBER, упрощающая создание топологий и параметров малых молекул для различных программ молекулярной динамики, таких как GROMACS, CHARMM и CNS. ACPYPE написан на языке Python и разработан как инструмент взаимодействия с другими приложениями на Python, включая программный пакет CCPN для анализа данных ЯМР и ARIA для расчёта структур по данным ЯМР. ACPYPE распространяется с открытым исходным кодом по лицензии GNU GPL v3; программа доступна как автономное приложение по адресу http://www.ccpn.ac.uk/acpype и как веб-приложение по адресу http://webapps.ccpn.ac.uk/acpype.

Результаты: Топологии, созданные ACPYPE, проверяли тремя способами: сравнивали с топологиями AMBER по умолчанию для стандартных аминокислот; создавали и проверяли топологии большого набора лигандов из PDB; повторно рассчитывали структуры пяти белково-лигандных комплексов из PDB.

Выводы: ACPYPE упрощает автоматическое создание топологий и параметров в различных форматах для разных программ молекулярной механики, включая расчёт частичных зарядов, и благодаря объектно-ориентированной архитектуре может интегрироваться с другими приложениями.