База данных Gene Expression Omnibus

База данных Gene Expression Omnibus (GEO) — это международное публичное хранилище, которое архивирует и бесплатно распространяет наборы данных по экспрессии генов, полученные высокопроизводительными методами, а также другие данные функциональной геномики. Созданная в 2000 году как всемирный ресурс для исследований экспрессии генов, GEO развивалась вместе с быстро меняющимися технологиями и теперь принимает высокопроизводительные данные для многих других приложений, включая исследования метилирования генома, структуры хроматина и взаимодействий геном — белок.

GEO поддерживает разработанные сообществом стандарты представления данных, предусматривающие предоставление нескольких критически важных элементов исследования, включая необработанные данные, обработанные данные и описательные метаданные. Эта база не только предоставляет доступ к данным десятков тысяч исследований, но и предлагает различные веб-инструменты и стратегии, позволяющие пользователям находить данные, соответствующие их конкретным интересам, а также визуализировать и анализировать их. В этой главе подробно описаны методы поиска и загрузки данных GEO, а также использования инструментов анализа и визуализации. Домашняя страница GEO: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/.