Масштабно-параллельное цифровое транскрипционное профилирование отдельных клеток

Характеристика транскриптома отдельных клеток имеет принципиальное значение для понимания сложных биологических систем. Мы описываем капельную систему, позволяющую подсчитывать 3'-концы мРНК у десятков тысяч отдельных клеток в каждом образце. Инкапсуляция клеток, одновременно до 8 образцов, занимает около 6 минут, а эффективность захвата клеток составляет примерно 50%. Для демонстрации технических возможностей системы мы получили данные транскриптома примерно 250 000 отдельных клеток из 29 образцов. Мы подтвердили чувствительность системы и ее способность выявлять редкие популяции на клеточных линиях и синтетических РНК. Мы профилировали 68 000 мононуклеаров периферической крови, чтобы продемонстрировать способность системы характеризовать крупные популяции иммунных клеток. Наконец, мы использовали последовательностную вариабельность в данных транскриптома для определения химеризма реципиента и донора на уровне отдельных клеток в мононуклеарах костного мозга, выделенных у пациентов после трансплантации.