Slingshot: реконструкция клеточных линий и псевдовремени по данным одноклеточной транскриптомики

Введение: Одноклеточная транскриптомика позволяет исследовать сложные сообщества гетерогенных клеток. Этот подход можно применять к стволовым клеткам и их потомкам, чтобы проследить переход от мультипотентных клеток-предшественников к полностью дифференцированным клеткам. Несмотря на разработку различных статистических и вычислительных методов реконструкции клеточных линий, точная характеристика нескольких ветвящихся траекторий остается сложной задачей.

Результаты: Мы представляем Slingshot — новый метод реконструкции клеточных линий и псевдовремени по данным об экспрессии генов на уровне отдельных клеток. На ранее опубликованных наборах данных Slingshot корректно выявлял биологический сигнал для одной–трех ветвящихся траекторий. Кроме того, результаты моделирования показали, что Slingshot оценивает псевдовремя точнее других ведущих методов.

Выводы: Slingshot — устойчивый и гибкий инструмент, сочетающий стабильные методы, необходимые для анализа зашумленных одноклеточных данных, со способностью выявлять несколько траекторий. Точная реконструкция клеточных линий — важнейший этап выявления динамики экспрессии генов во времени.