Выявление GD2-положительного фенотипа опухоли на основе секвенирования РНК

Ассоциированный с опухолью ганглиозид GD2 представляет собой перспективную мишень для иммунотерапии рака. Опухоли с экспрессией GD2 лучше отвечают на такую таргетную терапию, поэтому необходимы новые методы выявления молекулярного фенотипа GD2-положительных опухолей. В этой работе разработан бинарный классификатор на основе экспрессии генов, предназначенный для прогнозирования GD2-положительного фенотипа опухоли. Для этого сравнили данные секвенирования РНК, полученные из образцов биопсий опухолей человека в экспериментальных исследованиях и из общедоступных баз данных, а также из GD2-положительных и GD2-отрицательных клеточных линий рака; оценивали экспрессию генов, кодирующих ферменты биосинтеза ганглиозидов. Была выявлена двухгенная экспрессионная сигнатура, объединяющая гены ганглиозидсинтаз ST8SIA1 и B4GALNT1. Она эффективнее предсказывала GD2-положительный фенотип по сравнению с отдельными генами биосинтеза ганглиозидов: коэффициент корреляции Мэтьюса (MCC) составил 0,32, 0,88 и 0,98 в трёх независимых сравнениях против 0,02–0,32, 0,1–0,75 и 0,04–1 соответственно. Ни один отдельный ген не показал более высокого значения MCC, чем экспрессионная сигнатура, в двух или более сравнениях. Предложенный диагностический подход потенциально может применяться для прогнозирования GD2-фенотипа при различных типах рака на основе данных об экспрессии генов.