Точное и быстрое выявление генных слияний по данным секвенирования РНК

Выявление генных слияний по данным секвенирования РНК стало рутинной задачей в исследованиях рака и прецизионной онкологии. Однако, несмотря на наличие множества вычислительных инструментов, обнаружение слияний по-прежнему представляет сложность. Существующие методы характеризуются недостаточной точностью прогнозирования и требуют значительных вычислительных ресурсов. Мы разработали Arriba — новый алгоритм выявления генных слияний с высокой чувствительностью и коротким временем работы. При анализе большой совокупности опубликованных образцов рака поджелудочной железы (n = 803) Arriba выявил множество разнообразных драйверных слияний, многие из которых затрагивали белки, являющиеся мишенями для лекарственной терапии, включая ALK, BRAF, FGFR2, NRG1, NTRK1, NTRK3, RET и ROS1. Эти слияния были достоверно связаны с опухолями дикого типа по KRAS и затрагивали белки, стимулирующие сигнальный путь MAPK, что позволяет предположить, что они замещают активирующие мутации в KRAS. Кроме того, в экспериментах на клеточных моделях мы подтвердили трансформирующий потенциал двух новых слияний — RRBP1–RAF1 и RASGRP1–ATP1A1. Полученные результаты демонстрируют применимость Arriba как в фундаментальных исследованиях рака, так и для последующего внедрения в клиническую практику.