Эффективность исследования слюны, мазков из ротоглотки и носа для молекулярной диагностики SARS-CoV-2: систематический обзор и метаанализ

Мазки из носоглотки (НГ) считаются наиболее информативным материалом для диагностики респираторных вирусов, включая SARS-CoV-2. Потребность в расширении возможностей тестирования на SARS-CoV-2 в разных условиях в сочетании с дефицитом расходных материалов для забора образцов стимулировала поиск альтернативных типов материала с высокой чувствительностью. Мы систематически проанализировали литературу, чтобы оценить эффективность альтернативных типов образцов по сравнению с мазками из НГ. Систематический поиск в PubMed, Google Scholar, medRxiv и bioRxiv (последний поиск 1 октября 2020 г.) был проведен для сравнительных исследований альтернативных типов образцов (слюна, мазки из ротоглотки [РО] и носа [Н]) против мазков из НГ для диагностики SARS-CoV-2 с использованием тестов на амплификацию нуклеиновых кислот (NAAT). Для расчета доли положительных результатов в альтернативных образцах, доли положительных результатов в мазках из НГ и доли совпадающих положительных результатов в целом и в подгруппах был выполнен метаанализ со случайными эффектами по логистически-нормальной модели. Для оценки риска смещения использовали инструмент QUADAS 2. Из 1253 уникальных публикаций мы отобрали 25 исследований слюны, 11 исследований мазков из носа, 6 исследований мазков из ротоглотки и 4 исследования мазков из ротоглотки/носа, соответствовавших критериям включения. Три типа образцов давали меньшую долю положительных результатов, чем мазки из НГ: мазки из носа — 82% (95% ДИ 73–90%), мазки из ротоглотки — 84% (95% ДИ 57–100%), слюна — 88% (95% ДИ 81–93%), тогда как комбинированные мазки из ротоглотки/носа сопоставлялись с эффективностью мазков из НГ — 97% (95% ДИ 90–100%). Отсутствие экстракции РНК (для слюны) и использование более чувствительного NAAT (для мазков из носа) существенно снижали выход положительных образцов среди альтернативных материалов. Мазки из носоглотки остаются золотым стандартом диагностики SARS-CoV-2, хотя альтернативные образцы представляются перспективными. Остается много неизвестного о влиянии вариаций в заборе материала, протоколах обработки и характеристиках популяции (дети или взрослые, поздняя или ранняя стадия заболевания), поэтому срочно нужны прямые сравнительные исследования стратегий взятия образцов.